雖說北上廣深等地在黑臭水體治理這方面開展了有利的探尋和實(shí)踐，不過在全國各地范圍之內(nèi)全方面解決城市黑臭水體，依然面臨某些困難和情況。

一是底數(shù)不清，缺乏清晰標(biāo)準(zhǔn)的判斷標(biāo)準(zhǔn)和依據(jù)。現(xiàn)階段，許多城市河堤沒有監(jiān)測斷面，河堤水質(zhì)狀況暫未被掌握。各省間及其各地市間黑臭水體河長、面積等不匹配的情形，并且城市黑臭水體治理關(guān)乎城市水環(huán)境狀況排名，地方政府在公開清單和整治進(jìn)度這方面存有猶豫和矛盾的心理。另外，存有認(rèn)為排污控制區(qū)的河堤黑臭是正常現(xiàn)象的理解誤區(qū)。

二是治理方式單一，系統(tǒng)化欠缺限制黑臭水體治理效果。一部分城市黑臭水體治理寄望污水?dāng)r截、清淤、筑壩、護(hù)岸等措施，治理方式較為單一，一些區(qū)域采用在河溝、河渠上“加蓋”，作為排污暗溝，盡管暫時(shí)防止了惡臭的散出，提升了觀感，但加蓋后封于地下的河道水體也會(huì)更進(jìn)一步加劇，會(huì)對河流水體產(chǎn)生毀滅性破壞。為了更好地構(gòu)建城市水體景觀，很多區(qū)域修建了橡膠壩，進(jìn)而造成下游區(qū)域幾乎斷流，斷頭河、有河皆干、有水皆污的問題不計(jì)其數(shù)。為了更好地防洪泄洪，一部分區(qū)域改河堤自然護(hù)岸為混凝土護(hù)岸，以至于“三面光”——河的兩岸和河底均被混凝土襯上，嚴(yán)重的阻礙了水陸生態(tài)系統(tǒng)的聯(lián)絡(luò)，損壞了水體的生態(tài)系統(tǒng)平衡。黑臭水體的治理普遍欠缺規(guī)范化設(shè)計(jì)和宏觀向?qū)е敢?yīng)對黑臭只是城市水體治理的最初標(biāo)準(zhǔn)，城市水體要變?yōu)槿罕姷挠H水區(qū)域，變?yōu)槌鞘械纳鷳B(tài)步道和綠網(wǎng)，城市黑臭水體治理亟待進(jìn)行頂層設(shè)計(jì)，進(jìn)行規(guī)范化的指導(dǎo)。

三是協(xié)調(diào)機(jī)制不成熟，城市黑臭水體治理作為水治理的主要內(nèi)容，“九龍治水水不治”的困局尚未沖破，治水合力尚未形成。城市黑臭水體治理牽涉多行政管理部門，污染物排放監(jiān)督管理牽涉環(huán)境保護(hù)部門，污水口設(shè)置以及河道管理牽涉水利（水務(wù)）部門，污水管網(wǎng)等基礎(chǔ)設(shè)施建設(shè)牽涉住建部門，其余還牽涉景觀、規(guī)劃、土地等主管部門，管控協(xié)調(diào)難度大。

四是管理體制不完善，黑臭水體存在反彈的可能性。黑臭水體在治理過程中，倘若污染源治理不徹底、治理后管控不到位，極易發(fā)生黑臭水體反彈的情況，主要表現(xiàn)為豐水期好、枯水期差，晴天時(shí)水體好，下雨天又黑又臭的情況。黑臭水體治理應(yīng)該始終堅(jiān)持工程項(xiàng)目和管理規(guī)范并舉，兩手抓，兩手都要硬，一同推動(dòng)黑臭水體的應(yīng)對以及良好水體的修復(fù)。

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